Verschillende soorten diagnostiek (beknopte uitleg)

Er zijn verschillende vormen van genetische diagnostiek mogelijk. Een deel van de diagnostiek kunt u als specialist zelf aanvragen, maar bepaalde vormen van diagnostiek zijn voorbehouden aan de klinisch geneticus. Om patiënten juist te informeren en hen alle benodigde informatie te kunnen geven om te beslissen over het wel of niet laten verrichten van deze genetische diagnostiek, is het van belang dat u zelf een goed beeld hebt van de inhoud en van de mogelijkheden en beperkingen van verschillende soorten genetische diagnostiek.
Binnen dit kennisportaal voor professionals vindt u onder het menu "Kennis" uitgebreide informatie over alle verschillende soorten genetisch onderzoek.

Genetische diagnostiek kan worden ingedeeld naar niveau/resolutie (chromosomaal of gen) en naar breedte (gericht of genoombreed). In de lijst hieronder ziet u beknopte informatie over inhoud, mogelijkheden en beperkingen betreffende de genetische onderzoeken die u zelf aan kunt vragen.

ALLES OPENEN
  • “Klassiek” chromosomenonderzoek (karyotypering)
    • Onderzoek op chromosomaal niveau, lage resolutie
    • Genoombreed
    • Indicatie: gerichte verdenking op een grote chromosomale verandering (bijvoorbeeld trisomie 21/syndroom van Down, familiair voorkomen van een (grote) translocatie (eventueel gecombineerd met FISH (zie hieronder voor uitleg))
    • Dit onderzoek toont niet aan:
      • Microdeleties en/of microduplicaties
      • Genvarianten
      • Afwijkingen door repeat verlenging (vb Fragiele X syndroom)
      • Afwijkingen door imprintings-/methyleringsdefecten
      • Afwijkingen in mitochondrieel DNA

     

  • Fluorescente in situ hybridisatie (FISH)
    • Onderzoek op chromosomaal niveau
    • Gericht
    • Indicatie: gerichte verdenking op een specifieke chromosomale verandering, familiair voorkomen van een translocatie of een bekende microdeletie. Meestal in aanvulling op klassiek chromosomen onderzoek.
    • Dit onderzoek toont niet aan:
      • Afwijkingen anders dan waar de FISH probe(s) specifiek op gericht is/zijn.
  • SNP array
    • Onderzoek op chromosomaal niveau, gemiddelde resolutie 50-100 kb
    • Genoombreed
    • Indicatie: verdenking op een chromosomale microdeletie of –duplicatie, geen gerichte/specifieke syndromale verdenking
    • Afwijkingen door imprintings-/methyleringsdefecten kunnen in sommige gevallen worden aangetoond, maar hier is veelal vervolgonderzoek nodig om dit bevestigen
    • Afwijkingen in mozaïekvorm kunnen in sommige gevallen worden aangetoond, mede afhankelijk van de soort en grootte van de afwijking alsmede het percentage afwijkende cellen
    • Dit onderzoek toont niet aan:
      • Gebalanceerde translocaties
      • Genvarianten
      • Microdeleties en –duplicaties kleiner dan 20-50 kb
      • Afwijkingen door repeat verlenging (v.b. Fragiele X syndroom)
      • Afwijkingen in mitochondrieel DNA
      • De uitslag geeft weer of er te veel of te weinig chromosomaal materiaal aanwezig is, maar niet waar dit materiaal zich bevindt (bijvoorbeeld geen onderscheidt tussen een vrije trisomie 21 en een trisomie 21 als gevolg van een translocatie)
  • Genetisch onderzoek naar een familiair voorkomende pathogene nucleotide variant (mutatie)
    • Onderzoek op genmutatieniveau
    • Gericht
    • Indicatie: familiair voorkomen van een mutatie, aantonen of uitsluiten dat een persoon hiervan drager is
    • Dit onderzoek toont niet aan:
      • genetische veranderingen anders dan de familiaire mutatie (ook niet in hetzelfde gen)
  • Genetisch onderzoek van 1 of enkele genen (Sanger sequencing)
    • Onderzoek op genniveau, hoge resolutie (basepaar)
    • Gericht
    • Indicatie: gerichte verdenking op een aandoening die wordt veroorzaakt door een mutatie in 1 of enkele genen
    • Dit onderzoek toont niet aan:
      • Deleties of duplicaties in/van het gen (of chromosoom waarop het gen ligt)
      • Mutaties buiten de onderzochte genen
      • Afwijkingen door repeat verlenging (vb Fragiele X syndroom)
      • Afwijkingen door imprintings-/methyleringsdefecten
      • Afwijkingen door mozaïcisme (afhankelijk van het percentage mozaïcisme)
      • Afwijkingen in mitochondrieel DNA*
      • Afwijkingen in genen welke coderen voor microRNA moleculen
      • Diepe intronische mutaties
      • Bij meerdere mutaties in een gen is niet automatisch duidelijk of deze op verschillende allelen liggen

    *tenzij het onderzoek specifiek in mitochondrieel DNA wordt verricht

  • Onderzoek van deletie/duplicatie van (een deel van) een gen met MLPA (multipele ligatie-afhankelijke probe-amplificatie)
    • Onderzoek op genniveau, hoge resolutie (tot ~60bp)
    • Gericht
    • Indicatie: In aanvulling op sequentie analyse als
      • Slechts één pathogene variant in een recessief ziektegen is gevonden en er op het andere allel mogelijk sprake is van een deletie of duplicatie
      • deze analyse geen afwijkingen laat zien, maar er een verdenking op een afwijking van (een deel van) het gen blijft bestaan;
    • Dit onderzoek toont niet aan:
      • Genmutaties
      • Deleties/duplicaties buiten de onderzochte genen
      • Afwijkingen door repeat verlenging (vb Fragiele X syndroom)
      • Afwijkingen door mozaïcisme (afhankelijk van het percentage mozaïcisme)
      • Afwijkingen in mitochondrieel DNA*
      • Afwijkingen in genen welke coderen voor microRNA moleculen
      • Diepe intronische mutaties

    *tenzij het onderzoek specifiek in mitochondrieel DNA wordt verricht

  • Genpakket/genpanel (= WES met filter)
    • Onderzoek op genniveau, hoge resolutie (basepaar)
    • Breed
    • Indicatie: verdenking op een aandoening die kan worden veroorzaakt door varianten in >3 genen
    • Dit onderzoek toont niet aan:
      • Afwijkingen door repeat verlenging (vb Fragiele X syndroom)
      • Afwijkingen door imprintings-/methyleringsdefecten
      • Afwijkingen door mozaïcisme (afhankelijk van het percentage mozaïcisme)
      • Afwijkingen in mitochondrieel DNA*
      • Afwijkingen in genen welke coderen voor microRNA moleculen
      • Diepe intronische mutaties

    *tenzij het onderzoek specifiek in mitochondrieel DNA wordt verricht

    In sommige laboratoria kunnen chromosoomveranderingen (CNV’s) en kleine intragene deleties/duplicaties met de WES-diagnostiek opgespoord worden, maar dat is niet in elk laboratorium mogelijk. Het is daarom belangrijk om goed te bekijken wat er wel of niet onderzocht is: met exoom-sequencing kunnen dus kleine intragene deleties/duplicaties gemist worden. Bij een sterke verdenking van de betrokkenheid van een specifiek gen is dan alsnog verder gericht onderzoek van het specifieke gen nodig om kleine deleties/duplicaties op te sporen met behulp van een zogenaamde MLPA analyse. 

  • Whole exome sequencing (WES, open) (VOORBEHOUDEN AAN KLINISCH GENETICUS)
    • Onderzoek op genniveau van alle eiwitcoderende genen (>20.000), hoge resolutie (basepaar)
    • Breed
    • Indicatie: verdenking op een aandoening, waar meerdere (onbekende) genen een rol kunnen spelen en/of waar eerder genetisch onderzoek geen oorzaak heeft aangetoond
    • Dit onderzoek toont niet aan:
      • Afwijkingen door repeat verlenging (vb Fragiele X syndroom)
      • Afwijkingen door imprintings-/methyleringsdefecten
      • Afwijkingen door mozaïcisme (afhankelijk van het percentage mozaïcisme)
      • Afwijkingen in mitochondrieel DNA*
      • Afwijkingen in genen welke coderen voor microRNA moleculen
      • Diepe intronische mutaties

    *tenzij het onderzoek specifiek in mitochondrieel DNA wordt verricht

  • Whole genome sequencing (WGS) (VOORBEHOUDEN AAN KLINISCH GENETICUS)
    • Onderzoek van het volledige kern DNA, inclusief de niet voor eiwit coderende genen, hoge resolutie (basepaar)
    • Breed
    • Indicatie: verdenking op een aandoening, waar meerdere (onbekende) genen een rol kunnen spelen en/of eerder genetisch onderzoek geen oorzaak heeft aangetoond
    • Dit onderzoek toont niet aan:
      • Afwijkingen door repeat verlenging (vb Fragiele X syndroom)
      • Afwijkingen door imprintings-/methyleringsdefecten
      • Afwijkingen door mozaïcisme (afhankelijk van het percentage mozaïcisme)
      • Afwijkingen in mitochondrieel DNA*
      • Afwijkingen in genen welke coderen voor microRNA moleculen

    *tenzij het onderzoek specifiek in mitochondrieel DNA wordt verricht